José Ignacio Munilla ha llegado a San Sebastián envuelto en la polémica, ya que el 77% de los párrocos de la diócesis firmó un documento en el que rechazó el nombramiento del nuevo prelado.

A esta oposición, hay que añadir la manifestado por políticos y asociaciones, que le tildan de situarse en la "extrema derecha". Además, dos días después de su nombramiento, los miembros de la cúpula de la diócesis de Guipúzcoa anunciaron su dimisión en los cargos tras la marcha de monseñor Juan María Uriarte.

Según fuentes del Obispado, el revelo de los principales cargos de la diócesis, como los vicarios generales, es algo "absolutamente natural" cuando cambia el obispo.